Неизвестные объекты, называемые "Ангелами", внезапно появляются на территории столицы Японии. Токио грозит опасность. По этой причине, вблизи Токийского залива, ООН строит студенческий городок, который, на самом деле, является их агентством. Его цель - создавать и тренировать особые подразделения людей, способных уничтожать "Ангелов". Неожиданно для остальных в университете появляются два новых студента, Акира и Кентаро, которые вскоре перевернут с ног на голову жизнь университета и дадут надежду на светлое будущее.