Действия разворачиваются в постапокалиптическом Нео-Токио в 2030 году. Это огромный мегаполис, построенный на руинах Токио, уничтоженного взрывом огромной мощности, который вызвал Третью мировую войну. Жизни двух друзей-подростков, Тецуо и Канеды, меняются навсегда, когда в Тецуо начинают пробуждаться дремлющие сверхъестественные способности, и тот становится мишенью для теневой правительственной организации, группы, которая не остановится ни перед чем, чтобы предотвратить еще одну катастрофу, подобную той, что сравняла Токио с землей. И в основе их мотивации лежит первобытный, всепоглощающий страх: страх перед кем–то - или чем–то - невообразимо чудовищной силы, известной только как… Акира.