Однажды корабли, обладающие супер-оружием и названые позже "призрачным флотом", появились по всему миру. Человечество не нашло, что противопоставить этому флоту, и было вытеснено с моря... Семнадцать лет спустя Гунзо Чихайя и команда корабля I-401 (а также персонифицированное воплощение I-401, Иона), по какой-то причине объявили войну "призрачному флоту"...