События Fate/Apocrypha происходят в мире параллельном миру Fate/stay night, в котором Грааль был убран из города Фуюки после Третьей Войны. История начинается с того, что в Румынии был обнаружен «726-ой Святой Грааль». Его похитила и привезла в Румынию семья Иггдмилленния.

Это знаменует начало Великой Войны Святого Грааля в городе Трифас с двумя противоборствующими сторонами: Чёрная Фракция, члены которой являются частью семьи Иггдмилленния и Красная Фракция, члены которой были посланы Ассоциацией Магов, за исключением одного участника от Церкви. Грааль также призывает Рулера выступать в качестве посредника в Войне Святого Грааля.