Великий Мазингер начинается после поражения Мазингера Зет. Тэцуя Цуруги - новый протагонист, пилот могущественного Великого Мазингера, созданного считавшимся мертвым Кензо Кабуто, отцом Кодзи Кабуто. На этот раз врагом выступают Микенская империя и ее мощные роботы.