Продолжение оригинальной истории игры "Врата Штейна", фокусирующееся на героине Амане Сузухи. В 2036 году монополия машин времени организовала мир на земле ценой человеческой свободы. Сузуха отыскала следы своего отца в сражении, неподалеку от восстаний Валькирий, способных изменить весь мир. После того, как их группа провалилась на главной миссии, у Сузухи не осталось надежды. Но неожиданно она обнаружила, что папа оставил ей машину времени, которая даст Сузухе шанс разрушить сложившееся общество и создать лучшее настоящее и будущее!